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多用于神經組織橫切半薄切片甲苯胺藍染色，可在光學顯微鏡下觀察神經髓鞘的病變情況及髓鞘的厚度；也可用于植物葉片、花藥等，觀察細胞排列情況等。

半薄切片是使用超薄切片機將樹脂包埋的樣本進行切片，切片厚度一般為1.5μm左右，用防脫玻片進行撈片。主要應用為組織顯微結構觀察，超薄切片定位。半薄-切片常用甲苯胺藍或者亞甲基藍染色，恒溫箱烤干，中性樹膠封片，光學顯微鏡觀察組織顯微結構。

超薄切片是使用超薄-切片機將樹脂包埋的樣本進行切片，切片厚度一般為50-80nm，用無碳芳華膜銅網進行撈片，然后重金屬染色（鈾染+鉛染），常溫干燥保存。超薄-切片常用于通過透射電鏡觀察亞細胞水平的細胞器結構，例如線粒體、細胞核、內質網、高爾基體等。

負染實驗：提純的外泌體、病毒、細菌、蛋白、脂質體、大分子結構、納米材料等樣本，通過負染將懸浮于液體中的樣本原液滴于銅網進行重金屬染色。重金屬鹽包圍在樣本外周，電子不能穿透，而樣本本身可通過較多的電子。在電鏡下樣本與周圍的染色背景形成明暗反差，因而可清晰顯示樣本輪廓

骨組織透射電鏡全套：骨組織及牙齒組織富含有鈣質非常堅硬不易制成超薄切片，如需要觀察骨組織骨細胞的超微結構需要先行EDTA脫鈣（不建議強酸快脫，對細胞超微結構破壞較為嚴重）。如果組織塊過大脫鈣時間過長對細胞超微結構也有較大影響。

透射電鏡拍照實驗：透射電鏡（TEM）可以清楚的觀察到在普通光學顯微鏡下無法看清的動植物細胞內的超微結構，比如線粒體、內質網、高爾基體、溶酶體、自噬小體、凋亡小體、葉綠體、液泡、細胞內生細菌等結構及病理變化。

透射電鏡全套（包埋+制片+拍照）實驗：透射電鏡（TEM）通過對組織細胞樣本進行樹脂包埋切片，60-80nm厚度的超薄切片，經過重金屬鉛、鈾染色后于透射電子顯微鏡中進行幾千至幾萬倍的放大成像，從而能夠清楚的觀察到在普通光學顯微鏡下無法看清的動植物細胞內的超微結構，比如線粒體、內質網、高爾基體、溶酶體、自噬小體、凋亡小體、葉綠體、液泡、細胞內細菌或病毒侵染等結構及病理變化。